El ilegal relleno de lagunas en la urbe petrolera continúa siendo una práctica que incrementa los problemas para quienes habitan en las inmediaciones de estos vasos lacustres, además que el hábitat para especies endémicas como el cocodrilo Moreletti se ha visto reducido de forma considerable, lo que convierte a los reptiles en un riesgo para la población.
Esta situación se presenta desde hace más de dos décadas cuando comenzó el relleno de las lagunas y la ocupación de las márgenes de estos vasos lacustres por las propias familias que ampliaron sus terrenos o llegaron nuevos ocupantes a esos espacios, lo que ha disminuido las áreas en donde este reptil habita, a lo que se suma la invasión de lirio acuático y el desarrollo de maleza a la orilla.
Philip Fraser, títular del departamento de ecología en Ciudad Madero, reconoció que el relleno de lagunas es una actividad que prevalece a pesar de las acciones de vigilancia que se han implementado por parte de la autoridad municipal, pero aseguró, los infractores incurren en la ilegalidad aprovechando la noche y los sectores despoblados para arrojar los materiales de desecho
Las lagunas Los Patos, La Ilusión y Nuevo Amanecer son las que resultan más afectadas por el depósito de desechos materiales que arrojan a sus alrededores, por lo que autoridades estiman ha provocado la pérdida de captación en estos vasos lacustres en un 70% elevando el riesgo.