Ciudad Madero enfrenta graves problemas de inundación por la carencia de un sistema hidráulico de gran calado que permita el desfogue de las aguas de lluvias que se presentan, además del sistema doméstico existente que ya resulta insuficiente para efectuar este trabajo, a lo que se le suma la disminución de captación del sistema lagunario de la urbe petrolera por el incontrolable relleno de estos vasos lacustres.
Durante décadas las lagunas de Madero han recibido escombros, basura doméstica, desechos de talleres y otros materiales que han minado la superficie de estos cuerpos de agua, indispensables para mitigar los escurrimientos de agua durante la temporada de lluvias y cuando se registra una de las llamadas lluvias atípicas.
La carencia de un sistema hidráulico aunado al sistema doméstico ya insuficiente genera riesgo de inundaciones.
La función de estas lagunas era acumular el agua generada por los escurrimientos e impedir que esta llegara a los sectores habitados ubicados en las partes bajas, lo que en los últimos veinte años ha dejado de suceder por que las lagunas han perdido terreno ante la voraz mancha urbana y la complacencia de autoridades locales que permitieron estos a cambio de lograr un capital político.
Las lagunas que se han visto afectadas por los ilegales rellenos y la invasión de sus orillas, son: Nuevo Amanecer, en la colonia “Lucio Blanco”, rodeada totalmente por la mancha urbana y que presenta relleno en varias de sus márgenes desde hace varios años.
Otro vasos lacustres que presentan relleno son la 15 de Mayo, Las Burras, Los Patos, y la Ilusión que a pesar de los esfuerzos de la autoridad municipal para vigilar no se sigan rellenando esta acción continúa imparable, además de los trabajos de dragado que se han llevado a cabo con millonarias inversiones.
En Ciudad Madero el gobierno municipal tiene localizados cerca de 300 asentamientos irregulares ubicados en lagunas, algunos ya habitados y otros en proceso de ser ocupados.